Le conseil d'administration est composé de 8 personnalités qualifiées, françaises et étrangères, désignées par le président de l'École et d'un  représentant de chacune des  institutions partenaires suivantes :

• Le Centre national de la recherche scientifique,
• L'École des hautes études en sciences sociales,
• Le collège de France.

Il comprend en outre  pour moitié des représentants élus des personnels, des élèves et des étudiants, soit 13 membres répartis comme suit :

• 4 membres élus du collège « Professeurs des universités et assimilés »,
• 4 membres élus du collège « Autres personnels d'enseignement et de recherche dont les personnels scientifiques des bibliothèques»,
• 3 membres élus du collège « Élèves et étudiants »,
• 2 membres élus du collège des personnels « Personnels ingénieurs, administratifs, techniques ».

Le conseil d'administration compte également un représentant de la Région Rhône-Alpes et un représentant du Grand Lyon, désignés respectivement par leurs assemblées délibérantes.

Le président de l'École préside le conseil d'administration.

• Membres du conseil d'administration

• Délibérations